As chuvas que caíram em quase todo o Estado entre os dias 27 e 29 de abril, iniciaram um rastro de destruição na região Central e nos vales. O grande volume de água, que fez o rio Taquari superar 30 metros, chegaria a Porto Alegre e faria o Guaíba alcançar o ápice histórico de 5,33 metros no dia 5 de maio. O cenário acendeu um alerta na Zona Sul e a cheia que começava a desaguar na Lagoa dos Patos, neste mesmo dia já havia impactado mais de mil pessoas pela suba das águas na Colônia Z-3 e no Laranjal. No dia 27, o Canal São Gonçalo chegou a marca de 3,13 metros. No Município, cerca de 15 mil residências foram atingidas pelos alagamentos.

Foram mais de 30 dias em que Pelotas viveu sob os riscos e alerta constante para as cheias. Em torno de cem mil moradores estavam em áreas que poderiam ser atingidas pelas águas e outros milhares viveram os momentos de perigo e angústia de ter de sair de suas casas correndo devido à suba da Lagoa dos Patos e do São Gonçalo que invadia as ruas. Confira a cronologia da chegada do volume histórico no Município:

No dia 3 de maio, a Defesa Civil estadual emitiu o primeiro alerta de grande elevação do nível da Lagoa e algumas famílias começaram a deixar suas casas no Pontal da Barra e na Z-3. No Quadrado, na região do Porto, a água já começava a entrar no pátio das residências mais baixas. No dia 4, já havia 59 famílias desalojadas.
As localidades consideradas como de risco para as cheias eram somente as próximas à Lagoa dos Patos, principalmente o Cedrinho e Junquinho, na Colônia Z-3, no Pontal da Barra, no Laranjal; Doquinhas, na região do Porto e proximidades da ponte sobre o São Gonçalo. 

Os moradores dessas localidades foram os primeiros a sentir os efeitos do grande volume de deságue do Guaíba e no dia 5 mais de mil moradores tiveram as casas invadidas pelas águas.

No dia 7 de maio, a Prefeitura de Pelotas adicionou novas áreas de risco que deveriam ser evacuadas pela população, incluindo a costa do Arroio Pelotas, do Lagos de São Gonçalo, Navegantes, Fátima e Parque Una. Diante do aumento da gravidade das cheias, várias pessoas deixaram suas casas apenas com a roupa do corpo.
No mesmo dia, um mapa com o grau de risco de cada localidade do Município passou a ser divulgado para orientar os moradores. Nas regiões destacadas como de alto risco, a maioria acatou ao pedido do poder público e o cenário chegou a ser caótico em alguns pontos, com a população organizando os móveis e buscando abrigo na casa de amigos, parentes ou os disponíveis pelo Município.

Áreas como a rua do Pântano, próximo ao começo da rua General Osório, e a rua Anchieta, onde os moradores sofrem com alagamentos frequentemente, foram evacuadas diante da preocupação da rápida subida da água do São Gonçalo. Em outros locais margeados pelo Canal, como a Ilha dos Pescadores próxima a ponte entre Rio Grande e Pelotas, a altura da cheia já alcançava a cintura dos moradores.

Na região do Porto, equipes do Exército construíram barricadas com sacos de areia no Quadrado. E algumas famílias saiam da Balsa e da Estrada do Engenho. Além disso, em outro curso d’água, o Arroio Pelotas, também apresentava alta nos níveis, o que fez com que vários moradores próximos às margens saíssem de casa carregando móveis. No dia 7, as águas da Lagoa dos Patos alcançaram 2,20 metros e o Canal São Gonçalo 2,40 metros.

No dia 8, a Sala de Situação foi instaurada com o objetivo de monitorar o avanço das águas e as previsões meteorológicas para o Município. As equipes mantinham o acompanhamento em tempo real, com trabalho ininterrupto durante 24 horas por dia.

Na noite do dia 9, a Prefeitura solicitou a evacuação imediata dos balneários Valverde e Santo Antônio. As águas começaram a subir pelo Canal São Gonçalo e entraram pela altura da casa de bombas, na rua Nova Prata, onde a altitude é mais baixa, se espalhando por outras vias do Valverde. Ao longo do dia 10, bombeiros realizaram resgates de moradores que ainda não tinham conseguido sair.

Os níveis das águas continuaram subindo e, no dia 12, o Canal São Gonçalo empatou com o recorde histórico atingido em 1941 e alcançou 2,88 metros. No mesmo dia, a prefeita Paula Mascarenhas (PSDB) solicitou a evacuação imediata de moradores de mais áreas de Pelotas.

Quatro dias depois, com o nível do São Gonçalo passando dos três metros e a Lagoa dos Patos atingindo 2,79 metros, áreas que não estavam no mapa da zona de risco de inundação foram atingidas pelas águas que subiram rapidamente no Laranjal. Alguns moradores das ruas Vacaria, Gravataí, Barra do Ribeiro, Piratini e parte da avenida Rio Grande do Sul saíram às pressas.

No dia 27, a água continuou avançando no Laranjal e atingindo novas ruas. Na principal avenida da praia, a Rio Grande do Sul, a água chegava até a rua Canoas. O canal São Gonçalo atingiu, no mesmo dia, 3,13 metros - o maior registro da série histórica. A Lagoa dos Patos marcava 2,50 metros.

A partir do final do mês, os níveis das águas começaram a baixar e a situação foi considerada estável pelos hidrólogos e meteorologistas da Universidade Federal de Pelotas (UFPel). De acordo com a Prefeitura, a normalização deverá retornar ao Município no início de julho.